В раннем подростковом возрасте происходят изменения функционального состояния мозга в покое, снижающие степень готовности к деятельности, что отражается в специфике когнитивных процессов. Меньшая степень зрелости префронтальной коры и сниженная ее активность по сравнению с глубинными структурами является препятствием для функционирования системы произвольной регуляции и организации деятельности, затрудняется реализация управляющих функций и снижается степень их влияния на активность глубинных структур. В экспериментальных исследованиях это проявляется в снижении функционального взаимодействия корковых структур в ситуации произвольного внимания, направленного на опознание неполных изображений и снижение эффективности выполнения этой когнитивной задачи. Показано также снижение объема рабочей памяти.
Изменение управляющих функций на начальном этапе полового созревания проявляется и в снижении тормозного коркового контроля, что приводит к возрастающей импульсивности принятия решений и поведения. Обнаруженные на начальном этапе полового созревания изменения деятельности мозга, безусловно, отрицательно влияют на функциональное состояние организма подростка, возникают определенные трудности учебной деятельности и перегрузки, напряжение деятельности физиологических систем, утомление, снижение стрессоустойчивости.
Вследствие снижения тормозного контроля со стороны коры на структуры мотивационно-эмоциональной системы потребности подростка становятся плохо управляемыми, они направлены только на то, что непосредственно интересует подростка и/или дает непосредственное положительное подкрепление